UV dezinfekce má mnoho výhod oproti obvyklému způsobu pro dezinfekci povrchu, vzduchu a vody:
Většina UV dezinfekčních systémů nevyžaduje chemikálie, pouze správnou aplikaci germicidních lamp - v závislosti na aplikaci některé procesy stále vyžadují použití chemikálií, ale v podstatně menším množství.
Použití UV dezinfekce nezanechává žádné toxické chemické nebo karcinogenní vedlejší produkty.
UV dezinfekční systémy jsou často menší a snažší na použití než obyklé systémy, navíc v cenově dostupném kapitálu a operační ceně.
UV dezinfekce nemění chuť pití nebo jídla, ke které může dojít při chemickém či tepelném ošetření.
UV dezinfekční systémy jsou pro personál často bezpečnější, než použití chemického systému. Navíc eliminuje nutnost produkovat, skladovat a převážet nebezpečné a potenciálně toxické chemikálie.
Germicidní lampy jsou rovnoměrně efektivní proti bakteriím, plísním, sporám a virům.
UV dezinfekce deaktivuje patogeny, které si mohou vytvořit odolnost vůči chlóru či jiným chemikáliím, jako je kryptosporidium.